山东十二烷基二甲基苄基氯化铵可溶于水、不受水硬度影响、使用方便、成本低等优点，还具有对铁金属的缓蚀性、清洗及剥离黏泥和除去水中臭味的功能，是一种多效药剂。

山东十二烷基二甲基苄基氯化铵用于医药等行业中作灭菌剂，也用于工业循环冷却水、油田注水中，作杀菌剂和软泥剥离剂，用来控制循环冷却水系统积累污垢和垢下滋生硫酸盐还原菌。

山东十二烷基二甲基苄基氯化铵在污水处理中可作凝聚剂，凝集污水中阴离子型物质有良好的效果，用量约为100mg/L（44%）。